En 1630, los hijos del alarife Martín Casillas (constructor de catedral) les vendieron a las autoridades el terreno donde actualmente está el Palacio en 3mil pesos y en breve, comenzaron con la edificación de adobe del primitivo Palacio de Gobierno. En 1650, entra en funciones contando este edificio solamente con: dos salas, la de la audiencia y la privada del gobernador, una pequeña capilla y un mirador de arquería con columnas de cantera que se pusieron para adorno de la Plaza y Palacio, fungía como primera autoridad Antonio Alvarez de Castro.

Pero en 1750, un fuerte temblor sacudió a Guadalajara, ¡imagínate! si el frontis de catedral dio en al suelo y eso que era la estructura más sólida de la ciudad, pues la casona de adobe con portadas de piedra del Palacio Real, prácticamente desapareció. Este feo paisaje duró buen tiempo abandonado, hasta que Mota Padilla (historiador) se dirigió a la Audiencia, al presidente y al gobernador por medio del Ayuntamiento con el fin de solicitar de España el permiso para edificar la construcción conforme a unos planos que se enviaron; le tocó la tarea de levantar al nuevo palacio, al gobernador de la Nueva Galicia, José de Basarte con la ayuda de Manuel José Conique quien fue el que hizo los planos de este magno edificio.

Esta hecha con la mejor piedra dorada de Huentitán, tiene balcones y once ventanas distribuidas entre dos líneas paralelas, ornamentado con cañones labrados, trofeos colocados sobre el cimacio, numerosas colgaduras, coronas, plumas y flores de laurel adornan a este bello conjunto de arquitectura militar galante.

Aparte de ser una de la, más bellas fachadas de la República, en este inmueble se han desarrollado algunos de los acontecimientos históricos más importantes; desde la época virreynal, de este edificio partieron las determinaciones absolutas, personales, imperiosas de los gobernadores de la Audiencia y de los capitanes generales. En 1810, Miguel Hidalgo hizo su célebre Abolición de la Esclavitud; en 1855 se firmó el documento donde Jalisco se adhiere al Plan de Ayutla; el 14 de marzo de 1858 estuvo a un pelo de ser asesinado Benito Juárez; en 1859 se incendió una gran cantidad del parque de las armas que estaban depositadas en los almacenes del Palacio, volando casi todo el interior del edificio; el 30 de enero de 1915, Jesús Medina le metió un tiro a la carátula del reloj, el cual todavía se nota.

El gran patio central sirvió para los grandes bailes de la época donde se ejecutaban los bellos minuetos y las graves pavanas para el deleite de los tapatíos de ese tiempo.